El Sidonia comienza la operación destinada a acabar con la gran nave compuesta, pero se mete de cabeza en una batalla contra unos Gauna con los que se topa fortuitamente. Nagate y el cuerpo fusionado Tsumugi Shiraui se dirigen a toda velocidad al campo de batalla con la intención de salvar a Izana, que se ha visto sorprendida por el enemigo durante una misión de reconocimiento. Ahí espera su Némesis, un Gauna con un poder excepcional. ¡Un gravísimo peligro se cierne sobre el Sidonia!