Cuando los submarinistas de la policía encuentra dos esqueletos unidos en un óseo abrazo entre el lodo de un río de Manhattan, Margo Green, conservadora del Museo de Historia Natural, es invitada a colaborar en la investigación. Sin embargo Margo pronto descubre que no sólo la necesitan por sus conocimientos antropológicos. Las autoridades necesitan su ayuda por razones que ella intenta olvidar: su experiencia el año anterior en el enfrentamiento con una horrenda bestia que andaba suelta por los sótanos del museo. Los esqueletos no solo presentan señales de violencia, sino también grotescas anormalidades que apuntan inequívocamente a una sola cosa: el despertar de una pesadilla dormida. Al misterio de los esqueletos se suma una serie de brutales crímenes. Con la ayuda de Vincent D'Agosta -teniente de policía-, Pendergast -enigmático agente del FBI- y el doctor Frock -un eminente científico-, Margo indaga el origen de los asesinatos. La investigación los lleva a almacenes desiertos, laboratorios incendiados, las guaridas subterráneas de los "topos"... y por último a un formidables laberinto de túneles, cloacas y galerías horadado bajo Manhattan, donde se revela por fin el verdadero secreto de la Bestia del Museo