Basado en un hechos ficticios, nos citamos en una isla deshabitada al norte de Japón. La Academia Azul se encuentra en esta isla a cientos de metros bajo tierra. La historia se centra en un chico cuyo seudónimo es 'Abril 1', representante de su clase. En la Academia Azul, conformada por 12 clases, los estudiantes deben superar pruebas y exámenes complicados que decidirán sus futuros como miembros en la sociedad. El objetivo es convertir a los niños que se educan en estas instalaciones los seres humanos mas excelentes del mundo. Abril 1, el primer chico en lograr este resultado como apenas un niño, nos muestra su vida y el desarrollo de esta en la Academia Azul.